黑面琵鷺為國際級瀕危物種，逾六成族群選擇在台江國家公園度冬，顯示園區提供良好棲息與食物條件，使其數量自1990年不到300隻增至2023年6,603隻，保育等級由瀕危降為受脅。台江設置保護區，發揮傘護種效益，不僅保護黑面琵鷺，也涵蓋鷗科、鷺科等水鳥及底棲生物，為國際保育成功典範。

黑面琵鷺為國際性遷徙物種，往返南北韓至臺灣、西南沿海等地度冬，保育須涵蓋繁殖區、中繼站與度冬地。台江國家公園與韓、日、港等地專家合作，建立資訊共享與緊急通報機制，並簽署合作備忘錄。此外，與多方機關及NGO組成聯防網，定期演練鳥類救援與野放作業，展現跨域合作保育成效。