臺灣的國家公園擁有豐富的生物多樣性，涵蓋高山、森林、濕地、海洋等多種生態系統，孕育許多特有種與珍稀動植物。例如，玉山國家公園與太魯閣國家公園的高山環境棲息著臺灣黑熊、臺灣水鹿及帝雉等臺灣特有種。陽明山國家公園位處冬季東北季風迎風面帶來豐沛的雨量，加上多變的地形與火山環境使本區植被分佈異於同緯度的其他地區，除擁有亞熱帶雨林、暖溫帶常綠闊葉林與山脊矮草原等不同的植物帶外，甚至連生長於中央山脈海拔 2500 公尺的高山植物亦可在此見到蹤影。墾丁、東沙環礁、澎湖南方四島都擁有豐富的珊瑚礁生態系與珍貴的海洋資源。台江國家公園則以濕地生態聞名，是黑面琵鷺等候鳥的重要棲息地。這些國家公園不僅是保育自然資源的重要據點，也讓遊客能近距離欣賞臺灣獨特的生態之美。