萬年濕地群重要濕地(地方級)

內寮重要濕地(地方級)

四林格山重要濕地(地方級)

半屏湖重要濕地(地方級)

麟洛人工重要濕地(地方級)

八掌溪口重要濕地(國家級)

鰲鼓重要濕地(國家級)

鳥松重要濕地(地方級)

大鬼湖重要濕地(國家級)

大坡池重要濕地(國家級)

布袋鹽田重要濕地(國家級)

林園人工重要濕地(地方級)

鹽水溪口重要濕地(國家級)

五十二甲重要濕地(國家級)

南港202兵工廠及周邊重要濕地(地方級)

朴子溪河口重要濕地(國家級)