赤腹游蛇主要棲息於臺灣及中國華南低海拔濕地，如池沼與水田，其中臺灣族群為該物種唯一的島嶼分布。根據1941年堀川安市的調查，赤腹游蛇曾廣泛分布於臺灣西部平原與農耕地區。

因低海拔農地開發與棲地破壞，赤腹游蛇目前僅存於桃園及陽明山竹子湖一帶，並於2024年列為瀕臨絕種保育類野生動物。竹子湖棲地面臨多重威脅，須結合濕地營造、外來種移除、農法轉型與生態教育等措施，並動員各界共同參與復育行動。