南仁山區面積約五千多公頃，全區低山綿延，兼具丘陵、山谷、湖沼、溪流、草原等複雜多變的地形地勢，是台灣目前僅存的低海拔原始林區。其間孕育著1200 多種原生維管束植物，約占台灣的三分之一。此外各種動物種類繁多，是生態資源的寶庫，因此被劃為國家公園的「生態保護區」。

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