短吻紅斑吻鰕虎為臺灣特有種，分布於北部水系與中央山脈以西的各溪流中上游中，為典型陸封型魚種。底棲性，仔魚完全無浮游期。常棲息在小型支流中，或緩流區。以水生昆蟲為食。