曾文溪口國際級重要濕地核心區長久以來是黑面琵鷺等度冬候鳥重要棲地，9月份起將陸續來到臺南，內政部國家公園署台江國家公園管理處(以下簡稱台江處)為維護重要濕地棲地品質，每年度把握黑面琵鷺北返時期，執行紅樹林植群管理及相關棲地調整試驗，期與各界利害關係人攜手共同守護度冬候鳥棲地。

曾文溪口濕地核心區同時也是台江國家公園十份黑面琵鷺生態保護區，擁有國內少見廣大浮覆潮間帶泥沙灘地特性，長久以來是黑面琵鷺等度冬候鳥重要棲地，惟因長期水體交換受阻，形成細泥灘地，不利黑面琵鷺站立，而減少利用族群，復經專家學者建議，每年度趁黑面琵鷺北返時期，執行紅樹林植群管理及潮溝、潮池微棲地營造等棲地調整試驗，其中於七股海堤1號水門口前淤積地形所執行人工潮溝營造試驗後透過數值模擬分析顯示，所營造人工潮溝可縮短保護區內水體交換時間約15%，代表水體更新效率顯著提升，所改善水體流動狀況，預期可加快帶離紅樹林過度生長所淤積底泥與有機質，並也可增進與外界水域生物種源交換入添情況，維護保護區內水域多樣性。

除外，並進行紅樹林植群管理，經統計於2020年紅樹林面積約4公頃，至2025年增加至17公頃，而嚴重影響黑面琵鷺的利用，因此每年度僱工執行小範圍紅樹林植群整理之外，並搭配定期辦理紅樹林幼苗抑制實作課程，配合5-8月每月潮汐適合時段，邀集曾文溪口濕地核心區相關利害關係人，今(2026)年度共動員62人次協助抑制紅樹林幼苗更新，透過定期空拍紅樹林分布圖資結果顯示有效抑制其快速擴張，執行管理動作區域仍維持泥沙灘地樣態，有助於保護區棲地多樣性。

台江處陳俊山處長表示1998年日本學者提出里海(Satoumi)概念，意指「經由人為的操作或人與自然的互動下，提高沿岸海域的生產力及生物多樣性」，曾文溪口濕地屬於沿海河口濕地棲地，具有持續變動演替生態特性，考量該處濕地保育標的為提供黑面琵鷺等候鳥度冬棲地及維護當地居民傳統採捕場域，適度人為介入棲地經營管理行為仍有其必要性，未來將立基於曾文溪口濕地所具生態系服務，攜手在地利害關係人共同守護濕地環境。