不同的棲地環境促使台灣擁有多種不同的海洋生態系，如珊瑚礁生態系、沙泥生態系、河口及紅樹林生態系、潟湖生態系、岩礁生態系、大洋生態系、深海生態系及深海熱泉生態系等。
 
由於台灣位處亞熱帶與熱帶交接地，周邊海域生態深受黑潮、中國沿岸流、南中國海水團等三股海流的影響，冷暖海流交會，水溫及鹽度之差異亦影響著南北海底物種之分布差異。台灣的海水魚分布以東北角到澎湖南部為切線，分為以黑潮為主的墾丁、綠島、蘭嶼及蘇澳以南的熱帶體系，以及冬季受到大陸閩浙沿岸冷水流南下影響的台灣北部、西部及澎湖一帶的亞熱帶體系。南北兩地魚種分布各有不同，並且隨著季節及洋流盛行之情況，而有著魚種相互替代的有趣現象。
 
造成台灣魚類生物多樣豐富的原因，除了上述之棲地及海流外，還包含因台灣位居於全球物種最豐富的東印度群島地理區北緣，為東海、南海、黑潮洋流三大海洋生態系之交會處；同時，緊鄰歐亞大陸板塊的台灣，亦位於全球最大陸棚邊緣，也就是位於全球最大漁場邊緣，因此魚種自然豐富。